Hazreti Peygamber (sav)´in Hicret esnasında bina ettiği ve içinde ashabıyla birlikte namaz kıldığı, İslâm´da inşa edilmiş ilk mescittir. Hicret yıllarında Kubâ küçük bir köyden ibaretti. Başlangıçta Medine´ye uzaklığı altı mil kadarken, Hicret´ten sonra yeni açılan ulaşım yolları ile gelişme göstermiş, Medine´nin de büyümesiyle aradaki mesafe kapanmıştır. Mekke´den Medine´ye hicret eden ilk muhacirler Kubâ´ya vardıklarında orada Amr bin Avf oğullarının hurma kurutma yerini tesviye ederek, namaz kılmaya başladılar. İçlerinde Hz. Ömer (ra)´in de bulunduğu bu ilk muhacirlere en güzel Kur´an okuyanları olan Ebû Huzeyfe´nin azatlısı Sâlim imamlık yapıyordu.(İbn Sa´d, Tabakâtu´l-Kübrâ,III, 87, IV, 311) Hz. Peygamber (sav), Kubâ´ya Rebîulevvel ayının ortalarında bir pazartesi günü ulaştı. Orada, Amr bin Avf oğullarının yurdunda onların himâyesinde bulunan Gülsüm bin Hidm´in evinde bir müddet misafir oldu. Buhârî´nin Hicret´le ilgili bir rivâyetine göre, on küsur gece kalmıştır. (Buhârî, Menâkıb, 45.) Bu ise İbn Sa´d´ın on dört gün kaldığına dair rivayetine uygundur.
Hazreti Peygamber (sav), ilk muhacirlerin namaz kıldığı Gülsüm b. Hidm´in hurma harmanındaki sahayı genişleterek Kubâ Mescidini bina etti. Mescit kare planlı olarak yapılmıştır ve ebadları 66x66 ziradır. (yaklaşık 32X32 m) Hz. Peygamber (sav), Kubâlılardan taş getirmelerini istemiş, onlardan birini alıp kıble tarafına koyarak, Hz. Ebû Bekir ve Ömer (ra)´in de aynı şekilde sırayla taş koymalarını emir buyurmuştu. Mescid´in yapımında en büyük gayreti Ammar bin Yâsir göstermiştir. Bu bakımdan kendisi için "İslâm´da ilk mescid bina edendir" denilmiştir.(İbn Hişâm, es-Siretün-Nebeviyye, II, 143) Abdullah bin Revâha da hem çalışıp, hem şiir söylüyor, mü´minlerin yorgunluklarını hafifletiyordu.
Amr bin Avf oğullarını kıskanan Ganem b. Avflar Hz. Peygamber (sav)´in Tebük seferi sırasında, Kubâ´da bir mescid daha yaptılar. Ancak amaçları Müslümanların arasını açmak, cemaati bölmek ve Hz. Peygamber´e bir tuzak hazırlamaktı. Liderleri olan Ebû Âmir er-Rahip, Bizans´tan yardım istemeye gitmişti. Tebük Seferi dönüşünde Zû Evan denilen mevkide konaklayan Allah Rasûlünün yanına gelerek yaptıkları mescitte namaz kılmaya davet ettiler. Hz. Peygamber (sav), dâvete icabet etmeye hazırlanırken Allah tarafından uyarıldı ve bundan vazgeçti: "Zarar vermek, (hakkı) tanımamak ve Müminlerin arasını açmak ve önceden Allah ve Rasûlü ile savaşmış olanı gözetmek için bir mescit yapanlar da var. "İyilikten başka bir niyetimiz yoktu " diye de yemin edecekler. Halbuki Allah onların yalan söylediklerine şâhitlik eder. Orada asla namaza durma. İlk günden takva üzerine kurulan mescit, elbette içinde namaza durmana daha uygundur. Orada temizlenmeyi seven erkekler vardır. Allah da temizlenenleri sever". (Tevbe, 107-108) Ayette geçen "Takva Mescidi"nin hangisi olduğu hususunda farklı rivayetler ve yorumlar vardır. Mehmed Vehbî Efendi: "Esası takva üzerine bina kılınan mescidden murad, Mescid-i Nebevî olma ihtimali var ise de âyetin evveli ve âhiri Mescid-i Kubâ olmasına delalet eder" diyor . (Mehmet Vehbi, Hulasatü´l-Beyan fi Tefsiri´l-Kur´ân, VII, 152) Âyette zikri geçen "temizliği seven erkekler" ifadesi ile Kubâ halkı kasdedilmiştir. Çünkü onlar su ile istincayı âdet haline getirmişlerdi. Ashâb-ı Kiram´dan Ebû Eyyûb el-Ensârî ve Urve "Takva Mescidi"nin Kubâ Mescidi olduğu görüşündedirler. (İbn Sa´d, Tabakâtü´l Kübra, I, 244.) İbn Kayyim el-Cevziyye birisinin takvâ temeli üzerine kurulmuş olduğunu söylemenin diğerini olumsuz etkilemeyeceğini, her ikisinin de takvâ temeli üzere kurulmuş olduğunu belirterek ihtilâfı çözmektedir.(Zâdü´l-Meâd, I, 395.)
Kubâ Mescidi Hz. Peygamber (sav)´in, düzenli olarak Cumartesi günleri, zaman zaman da Pazartesi günleri ziyaret etmeyi âdet haline getirdiği bir mescitti. Oraya bazen binekli olarak bazen yaya gider ve namaz kılardı. Bir hadîs-i şeriflerinde bunu Müslümanlara da tavsiye ederek şöyle buyururlar: "Kim güzel bir şekilde abdest alır, sonra Kubâ Mescidine gelir ve orada namaz kılarsa onun için umre sevabı vardır". (İbn Mâce, İkâme, 198; Tirmîzi, Sâlat, 242) Mescid-i Nebevî ve Medine´deki dokuz mescid gibi Kubâ Mescidinde de eğitim ve öğretim devam etmekte idi. Hz. Peygamber buraya her gelişlerinde buna nezâret ederdi. Müslümanların eğitim almalarına çok önem verirdi. Hz. Ömer (ra) halifeliğinde pazartesi ve perşembe günleri burayı ziyaret eder, Kubâ çok uzak bir yerde olsaydı devesini oraya ulaşmak için yine süreceğini ifade ederdi. Kubâ Mescidi Hz. Osman ve Ömer b. Abdülaziz tarafından genişletildi. Daha sonra bir çok defa tamirat görüp yenilendi. 1829 yılında Sultan II. Mahmud tarafından imar edilen tek minareli ve düz tavanlı Mescit, Suudî Arabistan hükümeti tarafından yıkılıp kubbeli ve çifte minareli olarak büyütülerek yenilenmiştir…