Sultan Mesud’un ölümü ve II. Kılıç Arslan’ın 1155’de Anadolu Selçuklu tahtına çıkışından sonra merkezi Elbistan olan yukarı Ceyhan havalisi, Selçuklular ile Danişmendliler arasında mücadele sahası haline geldi. Bu sırada Kılıç Arslan Bizans İmparatoru ile savaş halindeydi. Bizans, Kılıç Arslan’ı güçsüz bırakmak için Danişmendli Sultanı Nizameddin Yağıbasan ile ittifak yaptı. Kılıç Arslan bu arada Yağıbasan ile de savaşmak zorunda kaldı. Fakat savaş aleyhine sonuçlanınca, Elbistan ve civarındaki araziyi Yağıbasan’a terk ederek 1160’da barış yapmak zorunda kaldı.
Yağıbasan’ın Ağustos 1164’de ölümü Danişmendli Devleti’nin zayıflamasına neden oldu. Danişmendli Beyleri, tahtı ele geçirmek için mücadeleye giriştiler. Sultan II. Kılıç Arslan, durumu uygun görerek Danişmendli ülkesinin bütününü elde etmek için siyasi ve askeri hazırlıklar yapmaya başladı. İlk önce Danişmendliler’in Kayseri valisi olan ve Danişmendli tahtına geçmek isteğinde bulunan Zünnun bin Muhammed ile ittifak yaptı. Sultan II. Kılıç Arslan, Zünnun’un yardımı ile 1165’de Elbistan ve Darende (Taranda)’yi alarak kendi ülkesine kattı.
1169’da Sultan Kılıç Arslan’ın Zünnun ile olan muhabbet ve ittifakı, düşmanlığa dönüştü. Zünnun’u da yenerek elinde bulunan Kayseri ve Aksaray’ı ele geçirdi. Sonra Anadolu’da geri kalan diğer Danişmendli idaresine son vermeye çalıştı. Ülkeleri işgal tehlikesi ile karşı karşıya kalan Danişmendli Beyleri, Suriye Hükümdarı Nureddin Mahmud’dan yardım istemeye mecbur kaldılar. Nureddin Danişmendliler’e yardım sözü verdi. Her iki tarafın birlikleri Sultan Kılıç Arslan’ın üzerine yürümek hazırlığında iken Sivas emiri İbrahim, halk tarafından öldürüldü. Nureddin Mahmud, Zünnun’u Sivas Danişmendli tahtına oturtarak geri döndü. Nureddin Mahmud, daha sonra da Zünnun’u himaye etti. Ancak onun 1174’de ölümü üzerine, Kılıç Arslan, yalnız kalan Zünnun’un üzerine yürüdü. Sivas ve diğer Danişmendli arazisini alarak bu beyliğe son verdi. Zünnun da Bizans kralına sığındı. Ardından Miryokefalon’da Bizans’a ağır bir darbe indiren ve Bizans tehlikesini böylece bertaraf eden Sultan II. Kılıcarslan Malatya üzerine yürüdü; dört aylık bir kuşatmadan sonra şehri ele geçirdi (1178) ve Dânişmendliler’in bu koluna son verdi. Malatya, Anadolu Selçukluları döneminde “Dârürrif‘a” (üstünlük ve asalet şehri) unvanıyla anılırdı. Miryakefalon savaşından sonra Anadolu Selçukileri Anadolu da hakimiyet tesis ederek tüm coğrafya üzerinde hakimiyet sağladılar.
Danişmendli mülkünü de ele geçiren ve otuz yedi sene Anadolu Selçuklu tahtında kalan II. Kılıç Arslan, saltanatının sonuna doğru 1190’da memleketini oğulları arasında paylaştırdı. Sivas ve Aksaray taraflarını Kutbeddin Melikşah’a, Elbistan’ı Muğinüddin’e verdi. Bu devrede Darende Sivas bölgesinin tabii bir parçası sayıldığından Kutbeddin Melikşah’ın elinde kalmıştır. II.Kılıç Arslan’ın 1192’de ölümü üzerine yerine küçük oğlu Gıyaseddin Keyhüsrev’i bertaraf etmek için Kutbeddin Melikşah ile Tokat Meliki bulunan Rükneddin Süleyman ittifak yaptı. Kutbeddin bu ittifak nedeni ile 1193’de Konya üzerine yürüdü. Ancak Aksaray’a geldiği esnada vefat etti. Rükneddin Süleyman Şah, Kutbeddin Melikşah’ın mülküne, yani Sivas, Malatya ve Darende çevresine sahip oldu. Bir süre sonra 1197’de Konya’yı aldı. Diğer kardeşlerini de bertaraf ederek Anadolu Selçuklu Devleti’ni bir idare altında topladı.
Anadolu Selçuklu şehzadelerinden İzzeddin Keykâvus Malatya meliki olarak görev yaptı. Alâeddin Keykubad da ağabeyi İzzeddin Keykâvus tarafından Malatya yakınlarındaki Minşâr Kalesi’nde hapsedildi (1212-1220).
Alâeddin Keykubad 1227 de Eyyûbî Hükümdarı el-Melikü’l-Eşref’in kız kardeşiyle Malatya’da evlendi. Alâeddin Keykubad, Moğol tehlikesinin gelişmesi üzerine tahkim ettirdiği Malatya’da halifenin elçilerini de ağırladı. Dânişmendli ve Selçuklu devrinde Malatya önemli kültür ve ilim şehri özelliği kazandı, çok sayıda âlim buraya yerleşti. Selçuklular devrinde pek çok yapıyla bezendi. Selçuklu idaresinde bulunan Sivas ve çevresi bu mücadelelerden sonra, Çarmağon Noyan komutasındaki Moğol ordusunun saldırısına kadar, dışarıdan gelen bir tehlike ile karşılaşmadı. Anadolu Selçuklu Sultanı Alaaddin Keykubad, Moğol saldırısına karşı tedbirler aldı. Ancak Çarmağon Noyan’ın 1232’da gerçekleştirdiği saldırı ile Sivas ve çevresi yağmalandı. Moğollar, Alaaddin Keykubad’ın kendilerine bağlanmasını istediler. Alaaddin Keykubad, maiyetindeki beyler ile birlikte Sivas yakınlarında Çarmağon Noyan’ı bozguna uğratarak geri çekilmek zorunda bıraktı.
Anadolu Selçukluları devrinde Darende de dahil olmak üzere Sivas livası ve çevresi, Batıni ve Şii düşüncesini yayan Baba İshak’ın çıkardığı karışıklıklara sahne oldu. Baba İshak Moğol istilası öncesinde, Moğollar’ın önünden kaçarak Anadolu’ya gelen Türkmenler üzerinde etkili oldu. Türkmenleri, Anadolu Selçuklu Sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev’in kötü idaresine karşı ayaklanmaya davet ediyordu. Ancak asıl amacı dini ve siyasi otoriteyi ele geçirmekti. Nihayet onun etkisi altında kalan Türkmenler, başlarında Baba İshak ve taraftarları Adıyaman, Kahta, Malatya, Elbistan, Sivas, Amasya Konya civarını yağmaladılar. Üzerlerine gönderilen Selçuklu ordusunu mağlub ettiler. Bu isyan Selçuklu sultanlarını oldukça meşgul etti ise de bir sonuca ulaşamadılar. Ancak Anadolu Selçukilerinin zayıflaması ve inkırazına sebep oldu.
